《最高院關于審理民間借貸案件適用法律若干問題的規定》第十五條規定：“原告以借據、收據、欠條等債權憑證為依據提起民間借貸訴訟，被告依據基礎法律關系提出抗辯或者反訴，并提供證據證明債權糾紛非民間借貸行為引起的，人民法院應當依據查明的案件事實，按照基礎法律關系審理。當事人通過調解、和解或者清算達成的債權債務協議，不適用前款規定”。
兩被告未向原告支付工程款及退還工程保證金，經雙方協商，兩被告向原告出具了借條。盡管本案當事人之間系建設施工合同關系（基礎法律關系），但因所涉借條系雙方經結算后就兩被告未支付工程保證金而出具，符合“當事人清算達成的債權債務協議”的要求，且所欠的工程款保證金也是雙方確認的合法債務，符合合法的民事關系產生的債權債務的要件，雙方應認定為轉化型借貸關系。故原被告雙方工程保證金按照借款處理，并不違反法律法規的強制性規定，雙方當事人通過這種方式約定所欠款項合法有效，這種約定對原被告雙方均具有約束力。